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蚌埠医学院是安徽省省属普通高等医学本科院校和国家首批具有学士和硕士学位授予权的单位，现为教育部硕士研究生推免高校，国家第一批临床医学硕士专业学位教育与住院医师规范化培训衔接改革试点单位。学校是国家第一批卓越医生教育培养计划试点高校、国家级大学生创新创业训练计划首批试点高校、安徽省高校综合改革首批试点单位，是暨南大学、陆军军医大学博士研究生联合培养单位和安徽省博士后岗位设置单位。